苏联共产党组成部分之一。1920年11月成立。19世纪80—90年代爱沙尼亚开始传播马克思主义和兴起社会民主主义运动。1901—1904年加里宁参加了在爱沙尼亚的塔林建立社会民主党组织的工作。1903年起塔尔图、纳尔瓦、皮亚尔努等地相继建立了俄国社会民主工党小组，1904年末建立了俄国社会民主工党塔林委员会。1917年4月在塔林举行了俄国社会民主工党(布)北波罗的海(爱沙尼亚)党组织第一次代表会议，选出俄国社会民主工党(布)北波罗的海州委会及其常委会。同年8月举行北波罗的海党组织第二次代表会议后，北波罗的海委员会改名为爱斯特兰(爱沙尼亚北部旧名)委员会，并选出爱斯特兰州常委会。同年10月爱沙尼亚布尔什维克建立了苏维埃政权，但很快被外国武装干涉者和国内反革命联合绞杀。1919年5月底共产党爱斯特兰委员会建立了俄国局。同年8月在彼得格勒举行了俄国共产党(布)爱沙尼亚分部代表会议，选出爱沙尼亚分部新的中央委员会。1919—1940年爱沙尼亚党组织作为独立的政党参加共产国际，开展秘密革命活动。1920年11月5日在塔林秘密举行了爱沙尼亚共产党第一次代表大会，并选举出中央委员会，领导人有维克托·金吉谢普、汉斯·佩格利曼等人。1940年10月根据苏联共产党(布)中央的决议，爱沙尼亚共产党成为苏联共产党(布)的一个组成部分。1990年3月召开第二十次代表大会，大会原则上决定脱离苏共，建立独立的爱沙尼亚共产党，并通过了新党纲，亚·维亚利亚斯当选第一书记。另一部分反对独立的代表组成爱沙尼亚共产党(苏共纲领派)，由亚·古谢夫任总书记。1991年苏联八一九事件后，爱沙尼亚共产党被宣布为非法组织。