《马克思恩格斯全集》历史考证版第二版，通常简称为MEGA²，是按原文原貌出版的历史考证版。全集完整地收录了马克思、恩格斯发表的文献、遗留的手稿、草稿及书信等，最为忠实、全面地反映了马恩存世作品的全貌。除了之前已知的著作、文章和书信，以及第三方写给马克思和恩格斯的信件外，这个版本还收录了一系列迄今未曾发表和新发现的资料。经过对作者身份的分析考证，许多文章可以确认是马克思或恩格斯所著。此外，MEGA²还首次出版了马克思为《资本论》撰写的全部手稿。该版本以手稿和经授权的刊印稿为底本。未完成的手稿按作者留下的原始写作状态刊印。从最初的构思提纲到最后经过现代编辑技术处理的定稿，MEGA²完整呈现了文献的创作过程。

       正文卷中各部文献均按手稿或者首印版本完整出版。单行资料卷中的学术评论包括引言、每部文献的创作及留传史、作者身份及写作日期的考证根据，以及关于留传手稿及授权刊印稿的详细说明。原文对照表记录了文本的生成过程。校勘表介绍了文本的编辑情况。注释提供了较之前版本更详细的史实资料、文献内涵交互参照及出处。各资料卷包含大量的文献索引。